Urodził się w 1630 roku w Chojnicach. Jego rodzicami byli bogaty bydgoski mieszczanin Jan Piotr Hacke i Barbara Hahn, córka znanego malarza Hermana. Mały Antoni nauki pobierał początkowo w Chojnicach. Uczęszczał tam do jezuickiego gimnazjum.

Młody zakonnik

Kiedy miał zaledwie 14 lat, postanowił wstąpić do nowicjatu w oliwskim klasztorze cystersów. Po dwóch latach złożył śluby zakonne. Przybrał też nowe zakonne imię. Od tego czasu nazywał się Michał Antoni Hacki. W roku 1647 z Oliwy wysłano go na dalszą naukę. Tym razem do Braniewa. Uczył się tam w kolegium, również u jezuitów. Cystersi rozpoznali w nim zdolnego ucznia. Kiedy miał 25 lat, został przez władze zakonne skierowany na dalsze studia do Belgii. Wraz z nim wysłano tam jeszcze czterech cystersów. Po powrocie Michał Hacki znał już kilka języków. Dokładnie nie wiadomo jak, ale posiadł tam także sztukę, która na zawsze miała odmienić jego życie. Nauczył się odczytywania szyfrów. Niektórzy twierdzą, że stał się najznakomitszym ówczesnym kryptologiem.