Historia tego szpitalnego kościoła sięga czasów średniowiecza. Początkowo powstał dom szpitalny, później kaplica. Najstarsze zapiski sięgają roku 1394. To czas panowania w Gdańsku zakonu krzyżackiego. Z rąk do rąk Dwór Ubogich istniał tu już w drugiej połowie XIV w. Pełnił rolę przytułku, sierocińca i szpitala. W 1394 r. wielki mistrz Konrad von Jungingen wydał dokument pozwalający na wybudowanie kaplicy i sprawowanie sakramentów świętych. – Dwór Ubogich przemianowany został na Szpital św. Elżbiety, bardzo cenionej przez Krzyżaków świętej – opowiada Aleksander Masłowski, pasjonat historii Gdańska. – Przed 1417 r. w jego pobliżu powstał niewielki, jednonawowy ceglany kościół, także pod wezwaniem tej świętej. Jego sylwetka do czasów obecnych nie zmieniła się (oprócz wieży i jej hełmu). W XVIII w. po kolejnej przebudowie szpital otrzymał obecny wygląd. W 1824 r. został zamieniony na miejski przytułek dla starców. Już w 1844 r. władze miasta sprzedały kościół wojsku.