Stanisław Bogdanowicz urodził się dwa miesiące po rozpoczęciu kampanii wrześniowej. Pierwsze lata swojego dzieciństwa spędził na Wileńszczyźnie. W kwietniu 1946 r. rodzice Stanisława przenieśli się do Gdańska. Tutaj przyszły duchowny rozpoczął naukę. – W liceum wujek był jednym z najlepszych uczniów – opowiada Anna Kołakowska, spokrewniona z ks. Bogdanowiczem.

W komunistycznym więzieniu

Święcenia kapłańskie Stanisław otrzymał z rąk bp. Edmunda Nowickiego w 1962 r. i od razu rozpoczął pracę duszpasterską. Jako wikariusz parafii w Pruszczu Gdańskim brał udział we wspominanym już odpuście wojciechowym. Wtedy mówił też o tym, że w czasach walki z Kościołem i duchowieństwem „w perfidny sposób łamie się konstytucję”. Słowa nagrane przez esbeków posłużyły jako dowód w procesie administracyjnym o tzw. szkodliwą działalność wobec państwa, jaki został wytoczony przeciwko młodemu kapłanowi.