Ciekawostką jest, że dawniej znajdowała się tutaj kaplica św. Olafa, patrona kupców w podróżach morskich. Pierwsza wzmianka o niej pochodzi już z 1423 roku. Niestety zawirowania dziejowe, w tym II wojna światowa, przyczyniły się do całkowitego jej zniszczenia i zmiany funkcji tej przestrzeni.

Nad drzwiami prowadzącymi do wnętrza bazyliki odnajdziemy piękny witraż przedstawiający ukrzyżowanie Chrystusa. Widoczne na nim postacie ujęte zostały w sposób naturalistyczny, co odzwierciedla konwencję dziewiętnastowiecznego romantyzmu. Witraż został odnaleziony w Toruniu w 1988 r. Powstał dla upamiętnienia 1900-lecia chrześcijaństwa.

Obiektem blisko drzwi, który przyciąga uwagę w nawie głównej, jest baptysterium. 9 listopada 1552 r. ojcowie Kościoła – Paul Ball, Georg Rosenberg i Rudolf Gruell podpisali umowę z mistrzem Corneliusem Hohe na prace kamieniarskie oraz mistrzami Bartelem Pasteydem i Heinrichem Neuborgiem na prace rzeźbiarskie przy jego wykonaniu. Sprawne działania mistrzów doprowadziły do ukończenia zlecenia już w 1553 r. Montaż cokołu na obecnym miejscu rozpoczął się 17 kwietnia 1554 r. i trwał do czerwca. Wzmianki historyczne mówią, że 26 lipca tego samego roku mistrz Cornelius udał się do Utrechtu, gdzie miał podjąć się obstalowania czaszy z trzonem oraz innych elementów chrzcielnicy wykonanych z brązu. Do tego przedsięwzięcia udało się mu pozyskać dwóch mistrzów: Hinrika Wyllemssona do stworzenia projektu i modelu oraz Adriana Hynrichsena do zrobienia odlewu. Prace ukończono we wrześniu 1557 r. Całość została wysłana drogą morską do Gdańska. W trakcie transportu doszło do groźnej sytuacji na wodach Bałtyku tuż przed Półwyspem Helskim. Warunki na morzu były bardzo złe. W statek wiozący chrzcielnicę, który stanął na kotwicach, uderzyła inna jednostka targana gwałtowną burzą. Załodze nic się nie stało. Marynarze, którzy przedstawiali okoliczności katastrofy przed Sądem Kapitańskim, podkreślali, że od niechybnej śmierci uratowało ich na pewno to, że przewozili chrzcielnicę. Ostatecznie dotarła ona do kościoła, gdzie 16 listopada 1557 r. czasza oraz ogrodzenie zostały osadzone na kamiennej podstawie. Następnie kowal Paweł ustawił wokół chrzcielnicy żelazną kratę z bramką, która została zdemontowana w 1926 roku.

Baptysterium zachwyca misternym wykonaniem, choć z jego oryginalnego wyposażenia zachowały się tylko niektóre elementy, m.in. pięknie zdobiony cokół. Został wykonany z szarego wapienia zbitego i piaskowca. Nadano mu kształt ośmioboku, którego ściany ozdobiono siedmioma reliefami ze scenami biblijnymi. I tak od bramki na lewo zobaczyć można triumf albo pochód Miłosierdzia z barankiem w uprzęży, który ciągnie wóz z kobietami i dziećmi. Następnie chrzest Chrystusa w Jordanie, chrzest dworzanina królowej etiopskiej. Kolejny relief to widzenie św. Piotra i chrzest Korneliusza, później scena złączenia z Chrystusem przez zmartwychwstanie, będąca ilustracją rozdz. VI Listu św. Pawła do Rzymian. Przedostatnia płaskorzeźba to zbroja chrześcijanina, w której zostały ukazane słowa rozdz. VI Listu św. Pawła do Efezjan. Natomiast ostatni relief ilustruje przejście Żydów przez Morze Czerwone. Reliefy ujęte zostały filarkami, na których znajdują się lwie maski albo główki aniołków. Po prawej i lewej stronie na węgarkach zobaczyć można główki aniołków trzymające w ustach banderole z datami 1616 i 1557. Pod spodem widoczny jest gmerk i litery C i F, czyli Cornelius fecit oraz rok 1553.

Oprócz cokołu do dnia dzisiejszego zachowały się elementy wykonane z brązu przez mistrzów Wyllemssona i Hynrichsena, które znajdowały się w narożnych słupkach ogrodzenia. Są to figury personifikacji cnót, na lewo od bramki: Hojność z rogiem obfitości, Stanowczość z kolumną i nogą wspartą na piedestale, Miłosierdzie z dwojgiem dzieci i opuszczoną na dół pochodnią, Wiara z krzyżem, Nadzieja z kotwicą, Umiarkowanie z wodą dolewaną do wina, Mądrość z wężem, a dawniej jeszcze z lusterkiem, które uległo zniszczeniu oraz Sprawiedliwość z wagą, mieczem i przepaską na oczach. Zachowały się również dwie małe rzeźby ewangelistów – św. Marka i św. Łukasza. Ostatnim oryginalnym elementem jest bramka o trójkątnym zwieńczeniu, gdzie znajdują się maszkarony, zdobione geometrycznym ornamentem.

Zaginęły zarówno chrzcielnica z trzonem, jak i okratowanie. Do 2013 r. w bazylice znajdowała się chrzcielnica z kościoła św. Jana. Obecnie w jej miejscu stanął zrekonstruowany element wykonany z brązu. Do jego odlewu posłużył gipsowy model pochodzący najprawdopodobniej z lat 40. XX wieku. To właśnie poniżej czaszy chrzcielnicy znajdują się oryginalne figurki ewangelistów.