Źródła historyczne wskazują, że kościół Mariacki na przestrzeni wieków był miejscem, które mogło poszczycić się świetnymi instrumentami. Zdarzało się, że było ich nawet pięć jednocześnie. Naturalne wydaje się więc również, że działali tutaj znakomici organiści i kompozytorzy. Ich dzieła klasyfikowane są jako te, które reprezentują wysoki europejski poziom. O tym, że organy w kościele istniały praktycznie od początku, świadczyć mogą wzmianki z 1385 r., które podają, że przy ul. Świętego Ducha mieszkał „magister organista”. Natomiast pierwszym znanym z nazwiska organistą był Paul Schuldte, który zasiadał przy głównych organach w latach 1459–1468.

W 1475 r. kościół posiadał jeden duży oraz dwa mniejsze instrumenty. Mistrz Błażej Lehmann z Budziszyna w latach 1509–1511 wybudował nowe, wielkie, 33-głosowe organy. Znajdowały się dokładnie tam, gdzie obecne. Poprzednie mistrz Błażej przeniósł do wnęki nad kaplicą Wszystkich Świętych, gdzie przetrwały do 1777 roku. W latach 1510–1511 ten sam mistrz buduje instrument umieszczony nad kaplicą św. Doroty. Kolejne organy wychodzą spod ręki mistrza Hansa Hauckego z Chojnic w 1522 roku. Jest to czwarty instrument – pozytyw, umiejscowiony na chórze nad zakrystią, który wzbogacał nabożeństwa odprawiane przy ołtarzu głównym. Rok później mistrz Błażej dostał zlecenie rozbudowy głównych organów oraz budowy nowych, we wnęce nad kaplicą św. Rajnolda. Tym sposobem w 1524 r. kościół dysponuje już pięcioma instrumentami.

Kiedy w 1572 r. świątynia staje się protestancka, w niełaskę popadają organy boczne. W ciągłym użyciu pozostają chórowe oraz główne, które zostają zastąpione nowymi, 55-głosowymi, a ich autorem jest Julius Antonius Friese, mistrz z Holandii, który stworzył je w latach 1583–1586. Przetrwały one 170 lat. Mimo prób naprawy, umilkły ostatecznie w 1757 roku. Kolejne główne 52-głosowe organy wybudował mistrz Friedrich Rudolf Dalitz z Gdańska. Przetrwały 100 lat. Epoka romantyzmu to zmiana brzmienia organów, by ostatecznie w latach 1935–1938 firma Kemper z Lubeki zbudowała ograny mające 120 głosów (88 głosów – organy główne oraz 32-chórowe). W marcu 1945 r. organy te ulegają zniszczeniu.

Obecny prospekt organowy pochodzi z kościoła św. Jana w Gdańsku. Wykonał go mistrz Marten Friese. Obudową snycerską zajęli się Andrzej Fischer, Krzysztof Bolez, Kasper Bönicgman i Piotr Bringemann. Prace malarskie i złotnicze należały do Dawida van den Blocka. Andrzej Hildebrandt w latach 1745–1746 rozbudował ten instrument o wieże basowe, ozdobione dekoracją późnobarokową. W czasie II wojny światowej instrument został zdemontowany i ukryty w różnych miejscach w pobliżu Gdańska. W 1981 r. powstał Komitet Odbudowy Organów Kościoła NMP w Gdańsku, do którego należeli byli mieszkańcy Gdańska. Współpraca polsko-niemiecka, a także działania firmy organmistrzowskiej braci Hillebrandów z Altwarmbüchen koło Hanoweru przynoszą po pięciu latach zakończenie adaptacji organów do wnętrza bazyliki. Prace obejmują: nową szafę główną, balustrady boczne, fragmenty architektury prospektu, instrument, a także konserwację XVII-wiecznych elementów snycerskich oraz ich wbudowanie w zrekonstruowany prospekt.

Prospekt to szafa główna, pozytyw przedni wraz z balustradą, podniebie empory oraz herby znajdujące się nad przejściem z kruchty do nawy kościoła. Szafę główną zdobią rzeźby muzykujących aniołów. Na szczycie wieży środkowej znajduje się orzeł z gałązką oliwną w dziobie. Pozytyw zwieńczony jest przedstawieniami aniołów w otoczeniu Mądrości i Męstwa (szczyt północny), Miłosierdzia i Nadziei (szczyt środkowy) oraz Wiary i Sprawiedliwości (szczyt południowy). Bogata ikonografia zdobi balustradę. Są to starotestamentowe sceny z życia Tobiasza, a także personifikacje cnót – od lewej są to: czujność, mądrość, nadzieja, miłość, sprawiedliwość, roztropność, umiarkowanie, kolejna alegoria nie posiada atrybutu, przez co pozostaje niezidentyfikowana, dalej znajdują się pobożność oraz łagodność. W dolnej partii balustrady odnaleźć można sześć kompozycji będących alegorycznymi przedstawieniami czterech pór roku i czterech żywiołów. Pod przednim pozytywem mieszczą się sceny ilustrujące koncert anielski (z prawej), króla Dawida grającego na harfie przed królem Saulem (pod wieżą centralną) oraz Dawida grającego na harfie w otoczeniu aniołów. Trzy ozdobne kartusze znajdują się pod emporą, u nasady ukośnej podsufitki. W nich umieszczone są sceny związane ze śmiercią św. Jana Chrzciciela. Na podsufitce zobaczyć można czternaście ośmiokątnych tarcz heraldycznych z przedstawieniem anioła, który trzyma przed sobą tarczę z gmerkiem starszyzny kościelnej z 1625 r. lub pustą tarczę przygotowaną pod znaki przyszłych pokoleń.