Nekropolia została zamknięta w 1948 roku, jednak jej niszczenie zostało zapoczątkowane już w okresie II wony światowej. Do początku lat 80. XX wieku cmentarz sukcesywnie ulegał dewastacji.

Obecnie cmentarz przy ul. Jacka Malczewskiego zajmuje obszar około 0,5 hektara. Znajduje się w sąsiedztwie cmentarza komunalnego oraz katolickiego. Do nekropolii wiedzie zabytkowa brama z hebrajskim napisem "Ze Szaar Elohim" ("Oto brama do Boga").

Główna aleja dzieli cmentarz na dwie kwatery. Na jej końcu znajduje się lapidarium wzniesione w czasie prac rewaloryzacyjnych prowadzonych w latach 80. XX w. Na terenie nekropolii zachowało się około 100 grobów. Pomniki posiadają często dwujęzyczne inskrypcje, w tym polskie, niemieckie, rosyjskie oraz hebrajskie.

W latach 1983-1989 na cmentarzu przeprowadzono prace rewaloryzacyjne, finansowane ze środków miejskich oraz konserwatora zabytków. Na początku 1987 roku cmentarzem zainteresowała się Fundacja Rodziny Nissenbaumów. W czasie prac na cmentarzu odsłonięto kilkadziesiąt macew oraz fundamenty ohelu. Po zbadaniu okazało się, że są tam nagrobki znanych rodzin gdańskich: Dancingerów, Fridmanów, Biełousów.

Cmentarz potrzebuje podjęcia kolejnych działań konserwatorskich, m.in. naprawy wymaga zabytkowa brama oraz większość zachowanych nagrobków.