Stanowi on formę zadośćuczynienia za powojenną dewastację i likwidację dawnych gdańskich cmentarzy. Upamiętnia tych wszystkich, którzy swoich grobów, a przynajmniej nagrobków już nie mają.

Oprócz umieszczonych na cmentarzu-pomniku oryginalnych płyt nagrobnych, pochodzących ze zlikwidowanych cmentarzy, w centralnym punkcie znajduje się "ołtarz" z napisem "Tym, co imion nie mają", wyrastający z rumowiska potłuczonych płyt nagrobnych z emblematami różnych religii obecnych w historycznym (ale także współczesnym) Gdańsku.

W dniu 1 listopada na terenie Cmentarza Nieistniejących Cmentarzy odbywają się ekumeniczne spotkania modlitewne. W atmosferze wzajemnego szacunku modlą się tam przedstawiciele i kapłani różnych wyznań. Towarzyszą im licznie gromadzący się na cmentarzu mieszkańcy Gdańska. Ksiądz, rabin, imam, pastor podają sobie ręce na powitanie, a następnie odmawiają - każdy według swojego rytuału i w swoim języku liturgicznym - modlitwę w tej samej intencji: pamięci o zmarłych.