Początki marynarskiej świątyni sięgają czasów dwudziestolecia międzywojennego. Zbudowany z dobrowolnych ofiar żołnierzy kościół powstał dzięki inicjatywie bł. ks. kmdr. Władysława Miegonia, ówczesnego kapelana marynarki. Obiekt oddano zaledwie dwa tygodnie przed wybuchem II wojny światowej. – Kiedy Niemcy weszli do Gdyni, zrobili z kościoła magazyn. Później przez całe lata był to magazyn LWP – opowiada ks. Wrona. Dopiero w 1981 r., dzięki inicjatywie proboszcza oksywskiej parafii, wspartej przez robotników z rodzącej się „Solidarności”, wymuszono na władzach przekazanie budynku Kościołowi. Stał się wówczas filią parafii św. Michała, należącej – jak cała Gdynia – do diecezji chełmińskiej.