Najcenniejszy i największy zabytek odbudowywanej od lat gdańskiej świątyni odzyskał pełnię blasku. Ołtarz, który mierzy 12 m i jest szeroki na ponad 5, znajduje się w świątyni od ponad 400 lat i nie oszczędzały go dziejowe burze. Na odzyskanie dawnej świetności czekał od 1945 roku.
Ołtarz główny kościoła św. Jana wygląda dziś tak samo, jak 400 lat temu, kiedy modlili się przed nim gdańscy luteranie. To dzieło Abrahama van den Blocke'a, słynnego gdańskiego architekta i rzeźbiarza. Tego samego, który odmienił oblicze XVII-wiecznego Gdańska takimi dziełami, jak Złota Brama, fontanna Neptuna, Złota Kamieniczka czy fasada Dworu Artusa. Van den Blocke otrzymał zlecenie od protestanckiej parafii św. Jana w 1599 r.
W ciągu 13 lat pracy, w jego warsztacie powstało prawdziwe arcydzieło z piaskowca gotlandzkiego, wapienia i marmuru. Surowe i ciężkie w konstrukcji, oszczędne w kolorach - dominują szarości, czerń, niewiele złota i czerwieni - oraz protestanckie w przesłaniu i przedstawieniu scen związanych z życiem patrona świątyni, św. Jana. Pojawiają się na nim przedstawienia dwóch najważniejszych dla luteran sakramentów: chrztu św. i Komunii św. Są też sceny z życia św. Jana, z fotograficzną skrupulatnością wyryte w gotlandzkim kamieniu przez gdańskiego mistrza Abrahama.
W trudnym kamiennym materiale gdański artysta niczym fotograf uwiecznił sceny z życia patrona świątyni, św. Jana. Piotr Piotrowski /Foto Gość- To potężny obiekt mający
Ołtarz od momentu jego instalacji cały czas znajdował się w świątyni. Zbyt duży i ciężki nie nadawał się do ewakuacji w czasie II wojny światowej. W 1943 r. wykonano dla niego ochronną osłonę, ale dwa lata później zabytek poważnie ucierpiał - zawaliły się na niego sklepienia, a w czasie pożaru zwęgleniu uległy polichromie. Jego stan pogarszał się przez kilkadziesiąt lat po wojnie, kiedy kościół był nieczynny.
Obecna konserwacja dzieła objęła ołtarz wykonany z trzech rodzajów kamienia: przede wszystkim piaskowca, ale też marmuru, z którego van den Blocke wykonał kolumny w pierwszej kondygnacji ołtarza i wapienia. - Wszystkie te elementy, zarówno przepiękne płaskorzeźbione płyciny opisujące historię życia świętego Jana Chrzciciela, patrona kościoła, jak również ornamenty i detale, figury wolnostojące wymagały pieczołowitych prac konserwatorskich - dodała I. Berent. Zdaniem konserwator, z niemal stuprocentową pewnością można powiedzieć, że ołtarz po renowacji wygląda tak, jak wyglądał w 1612 r., kiedy zainstalowano go w kościele św. Jana.
Renowacja ołtarza kosztowała 390 tys. zł. i była możliwa dzięki pieniądzom unijnym. Kościół św. Jana jest siedzibą Nadbałtyckiego Centrum Kultury, miejscem koncertów i wystaw. W niedziele i święta spełnia role sakralne, będąc miejscem sprawowania Mszy św. przez ks. Krzysztofa Niedałtowskiego, archidiecezjalnego duszpasterza środowisk twórczych, a także oo. dominikanów, którzy korzystają ze świątyni z uwagi na zamkniętą bazylikę św. Mikołaja.