Początki wspólnoty parafialnej w Kosakowie sięgają 1915 roku. Wtedy bp Augustinus (Rosentreter), ówczesny ordynariusz diecezji chełmińskiej, powołał lokalny wikariat w Pierwoszynie, do którego należeli mieszkańcy Kosakowa. Administratorem wikariatu został ks. radca Alojzy Kaszubowski. Ponieważ rolnikom z Pierwoszyna zabrakło jednomyślności, ludzie z Kosakowa przekazali odpowiednią działkę na potrzeby nowej placówki kościelnej. Wtedy ks. Kaszubowski zaczął zbierać pieniądze na budowę kościoła, plebanii oraz cmentarza.

Gdy wybuchła II wojna światowa, ks. Kaszubowski został aresztowany, a 11 listopada 1939 r. rozstrzelany w Piaśnicy. Kościół i plebania były wtedy oddane do użytku, ale działania wojenne spowodowały, że świątynia została częściowo zniszczona. W wyniku tego kościół został rozebrany. Po wojnie w tym miejscu ustawiony został wojskowy barak przywieziony z Oksywia. Do niego wstawiono ołtarze, które się zachowały.

Po wojnie proboszczem został ks. Aleksander Rutecki, a po nim – ks. Franciszek Kaszubowski.

15 sierpnia 1999 r. abp Tadeusz Gocłowski dokonał zmian terytorialnych i personalnych na ziemi kosakowskiej. Efektem tego było powstanie parafii pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Pierwoszynie, a także pw. św. Antoniego Padewskiego w Kosakowie. Proboszczem w Kosakowie został ks. Jan Grzelak.