Instytucja powstała z inicjatywy ks. prał. Kazimierza Wojciechowskiego, proboszcza parafii, a także lokalnych pasjonatów. Jej celem jest utrwalenie i przekazywanie obecnym oraz przyszłym pokoleniom nauczania Jana Pawła II poprzez realizację różnych inicjatyw o charakterze naukowym, religijnym i charytatywnym.

Ośrodek został ustanowiony przez abp. Tadeusza Gocłowskiego w 2006 roku. Rok później poświęcił go kard. Tarcisio Bertone, sekretarz stanu Stolicy Apostolskiej. W 2019 r. instytucja otrzymała dofinansowanie z Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego na gruntowną przebudowę. W konsekwencji uzyskano nowoczesną przestrzeń, wyposażoną w salę multimedialną, salę wystawową, moduł o charakterze muzealnym oraz bibliotekę.

Podczas uroczystości otwarcia metropolita gdański poświęcił pomieszczenia odnowionego ośrodka. - Spuścizna Jana Pawła II jest tak wielka i tak bogata, że mamy obowiązek jako Polacy, aby ją nieustannie przypominać, by do tej spuścizny nieustannie zaglądać i z niej czerpać. To bogactwo, które budowało naszą tożsamość. Ten ośrodek tutaj ma sens, jest potrzebny. Jest wyrazem naszej wdzięczności. Chcemy, by to miejsce było żywe, by ono promieniowało, by przypominało tę spuściznę, by zachęcało nas do zanurzenia się w nauczanie Jana Pawła II - mówił abp Wojda.

- Jesteśmy winni pamięć Janowi Pawłowi II, jesteśmy mu wdzięczni. Jestem też wdzięczny tym wszystkim, którym Bóg dał siłę, by ten ośrodek stworzyć tu, w historycznym miejscu na Zaspie - zaznaczył wojewoda pomorski.

Następnie w górnym kościele pod przewodnictwem arcybiskupa została odprawiona Msza św. ku czci św. Jana Pawła II. - Dlaczego trudno jest dziś wyznawać wiarę? Co się stało z wiarą, którą otrzymaliśmy? Co się stało z wiarą w naszym społeczeństwie, którą tak mocno głosił nam św. Jan Paweł II? Ta celebracja, a wcześniej poświęcenie Ośrodka Dokumentacji Nauczania Jana Pawła II są z pewnością wyrazem naszej wielkiej pamięci o papieżu Polaku. Jednocześnie musimy nieustannie stawiać sobie to pytanie: co się stało z naszą wiarą? Często słyszeliśmy: "Polska chrześcijańska, Polska wierząca", a tymczasem widzimy, że wielu katolików odeszło od Chrystusa, że wiele rodzin już nie przekazuje wiary, że młodzież wypisuje się z katechizacji, słyszmy o liczniku apostazji, o tym, że młode matki nie chcą ochrzcić swoich dzieci. Polsko, co się stało z twoją wiarą? - pytał metropolita gdański w homilii.

- Wspominamy dziś naszego rodaka, który został papieżem w trudnych czasach. Dzisiaj potrzeba powrotu do nauczania św. Jana Pawła II, abyśmy na nowo postawili sobie pytanie: jak powinna wyglądać moja wiara? Chcemy dziękować św. Janowi Pawłowi II za piękne nauczanie, jakie nam pozostawił, za te wielkie rekolekcje, które nam uczynił podczas podróży apostolskich do naszej ojczyzny. To wtedy nas umacniał, byśmy w wierze nie upadali. Wtedy tchnął w nasze serca nadzieję. Wtedy budował naszą miłość, abyśmy ją budowali w naszym życiu indywidualnym, rodzinnym, społecznym, narodowym. Jako synowie tej ziemi powinniśmy często powracać do pięknego bogactwa, które pozostawił nam Jan Paweł II - zaznaczył abp Wojda.