Początki pręgowskiej parafii związane są z zakonem krzyżackim, który wybudował tu kościół, wzmiankowany w dokumentach już w 1323 roku. Parafia była samodzielna, jednak już od 1396 r., kiedy wieś wraz z kościołem podarowano zakonowi brygidek z Gdańska, stał się patronacką świątynią zakonnic. Miały one prawo ustanawiania tutejszych proboszczów. Zachowana do dziś budowla pochodzi najpewniej z początku XIV wieku.