Do przęseł nawy głównej od strony południowej od 1350 r. przylegają budynki klasztorne, w których dziś mieści się seminarium. Część północna zabudowań już za czasów opata Dawida Konarskiego służyła jako boczna kaplica. Dokładna data jej powstania nie jest znana. Możliwe, że jej budowa została zlecona, by tymczasowo – po spaleniu w lutym 1577 r. przez gdańskich żołnierzy kościoła św. Jakuba – mogły odbywać się w niej nabożeństwa parafialne. Z uwagi na to w 1593 r. kaplicę oddzielono od części klasztornej drewnianą kratą. Również później odbywały się tu okazyjnie nabożeństwa dla wiernych. W 1749 r. opat Jacek Rybiński mianował dla kaplicy Mariackiej sześciu niemieckich i trzech polskich kaznodziei. Byli to: Alberty Franciszek Sebald, Krzysztof Ignacy Gretzky, Cyprian Kazimierz Rohfleisch, Ernest Piotr Woelky, Tomasz Godefryd Falkenstein, Olivery Karol Zygmunt Assmann oraz Józef Gabryel Bartosz, Ludwik Piotr Karuszewski i Iwo Mateusz Roweder. W XIX w. raz w miesiącu odprawiano oddzielne Msze św. dla Polaków, z kazaniami w języku polskim. Kaplica często służyła uroczystościom pogrzebowym. Doczekała się remontu i nowego wystroju w XX wieku. Od 1957 r. służyła klerykom pobliskiego seminarium. Obecnie jest częścią archikatedry, a wejście do niej jest umiejscowione za portalem, po południowej stronie nawy głównej.