Wojna zastała go w Hajnówce. Miał wówczas 15 lat. Ojciec, rolnik spod Siedlec, przeprowadził się tam wraz z całą rodziną, by prowadzić gospodarstwo ogrodnicze. W 1939 roku najpierw przyszli Niemcy. Później, w wyniku traktatów zawartych pomiędzy okupantami, wycofali się, by zrobić miejsce Sowietom. Już kilka dni po zajęciu Hajnówki przez Armię Czerwoną rodzina Borkowskich dowiedziała się, że czeka ich zsyłka na Syberię. Postanowili uciekać. Chcieli skorzystać z prawa, które dawało ludności cywilnej możliwość powrotu na ziemie urodzenia. Nie było łatwo. Jeszcze na dworcu kolejowym jeden z niemieckich żołnierzy chciał ich odesłać do domu. Ale uległ łzom matki Eugeniusza. Udało im się wjechać na teren Generalnego Gubernatorstwa. Przechodzili kolejne upokorzenia. Podczas kwarantanny, rozebrani do naga, musieli przechodzić pod prysznicami, z których lała się jakaś ciecz. Mężczyźni razem z kobietami. Było to dalekie od szacunku dla człowieka, z jakim dotychczas się spotykał.