Pierwsze wzmianki dotyczące kościoła pw. św. Jakuba w Gdańsku, który znajduje się u zbiegu ulic Opackiej i Cystersów, sięgają XIV wieku. Na miejscu obecnej świątyni stała najprawdopodobniej drewniana, wybudowana dla okolicznej ludności. Niektóre źródła podają, że jeszcze przed całkowitym zrównaniem kościoła z ziemią przez gdańskich żołnierzy, którzy trzykrotnie napadali na pobliskie dobra klasztorne, powstała tutaj trójnawowa świątynia murowana. Została ona doszczętnie zniszczona w 1577 roku. Odbudowa kościoła przypadła na lata 1591–1593, za czasów opata Dawida Konarskiego. Posługi kapłańskie odbywały się wówczas w kościele klasztornym, czyli katedrze oliwskiej. Najprawdopodobniej w miejscu dzisiejszej kaplicy Mariackiej.