Dokładna data powstania wsi Chylonia nie jest znana. Wiadomo natomiast, że lokowana została w XIV w. na prawie chełmińskim, na tzw. surowym korzeniu, co oznacza, że wcześniej na tym terenie nie było innej osady. Historia pierwszego drewnianego kościoła, który mieścił się na miejscu obecnej świątyni i był fundacją archidiakona pomorskiego Stanisława, sięga 1352 roku. Początkowo była to filia oksywskiej parafii, a w XVI i XVII w., gdy Chylonia wraz z Cisową były w posiadaniu gdańskiej rodziny Cyrenbergów, kościół służył protestantom. W okresie panowania Jana III Sobieskiego, gdy ziemie udało się odzyskać i stały się one posiadłościami królewskimi, świątyni przywrócono pierwotne przeznaczenie. Kościół murowany w stylu neogotyckim z zachowanym prezbiterium z XIV w. został wzniesiony w 1887 roku.