To jeden z najważniejszych skarbów naszej archidiecezji. I opus magnum sławnego oliwskiego opata Jacka Józefa Rybińskiego (1701–1782), sprawującego rządy w cysterskim klasztorze w latach 1740–1782. Spoczywająca na czterech filarach rokokowa podbudowa unosi organy w obu zachodnich filarach nawy głównej. Filary i przód empory ozdobione są splotami bluszczu i kwiatów, wazami i postaciami aniołów. Organy oraz balustradę zdobią bogate rokokowe dekoracje snycerskie. Figury aniołów trzymają w ruchomych dłoniach trąbki, rogi i dzwonki, które poruszają się dzięki wiatrownicom. Przy zachodnim przęśle na trzech piętrach, sięgających do sklepienia, umieszczono piszczałki. W czasie budowy organów zamurowano w tym celu oba zachodnie okna nawy głównej. Aby wpuścić tu światło dzienne, które miało wspomagać pracę organisty, umieszczono w 1786 r. owalny witraż. Przedstawia on Matkę Bożą z Dzieciątkiem. Po obu stronach pod sklepieniem umieszczono na prospekcie organowym gwiazdy, słońce i księżyc, które również są ruchome.

Organy budowane były przez prawie 25 lat, powstały w latach 1763–1788, a ich twórcą był Jan Wilhelm Wulff, urodzony w 1735 r. w Ornecie. Choć wzmiankę o pierwszych oliwskich organach znajdujemy już w 1433 r., to wiadomo, że instrument ten został zniszczony w 1577 r., w czasie napadu na klasztor gdańskich protestantów. W 1599 r. pomorska rodzina szlachecka Kosów ofiarowała oliwskiemu konwentowi 1000 polskich florenów na budowę nowego instrumentu. Niestety, w czerwcu 1626 r. klasztor ponownie splądrowano, tym razem uczyniły to wojska szwedzkie. Poważnie został wówczas uszkodzony instrument główny. W 1628 r. ponownie go naprawiono. Prawdopodobnie w czasie następnego najazdu szwedzkiego, w 1655 r., wywieziono do Szwecji małe organy (pozytyw) i umieszczono je w kościele w Skokloster, gdzie znajdują się do dziś.

Za rządów opata Antoniego Hackiego – ok. 1683 r. – zbudowano nowe małe organy w południowym ramieniu transeptu. Natomiast za czasów ostatniego oliwskiego opata Jacka Rybińskiego nastąpił najwspanialszy rozkwit cysterskiego klasztoru. Zakonnik i mecenas sztuki był równocześnie miłośnikiem muzyki i śpiewu. Do nowicjatu zaczęła napływać młodzież wybitnie uzdolniona muzycznie. Powstały dwa doskonałe zespoły – wokalny i orkiestra. Ujawniały się również talenty kompozytorskie, więc współbraciom nie wystarczały już dotychczasowe organy. W 1754 r. przybył do Oliwy w poszukiwaniu samodzielności i pracy J.W. Wulff, wnuk organmistrza Johanna Georga z Ornety. Młody opat Rybiński zlecił mu przebudowę małych organów – Wulff wykonał zadanie w ciągu 22 tygodni, a dzieło zostało pozytywnie ocenione przez znawców muzyki.

Opat wysłał budowniczego na koszt konwentu do Niemiec i Holandii na nauki u najwybitniejszych europejskich organmistrzów. Po 3 latach zagranicznych wojaży Wulff powrócił do Oliwy, by – zgodnie z życzeniem opata Rybińskiego – wybudować organy, które zadziwiłyby cały ówczesny świat. Został też cystersem, przyjmując w 1763 r. imię Michał. Prace nad budową trwały prawie ćwierć wieku. Na stałe zaangażowanych było 20–25 braci różnych specjalności. Wśród nich odznaczyli się dwaj wybitni rzeźbiarze, których monogramy zachowały się na wielu figurach – snycerz Józef Gross i brat Alanus alias Martin Trost z Dobrego Miasta. Ojciec Wulff dożył w klasztorze oliwskim późnej starości. Zmarł 11 marca 1807 roku. Natomiast budowę instrumentu ukończył w latach 1790–1793 wybitny organmistrz Fryderyk Rudolf Dalitz.

Według pierwotnego zamysłu opata Rybińskiego, prospekt instrumentu miał być jeszcze pozłacany. Wskutek konfiskaty klasztornego mienia przez Prusaków po pierwszym rozbiorze Polski nie zrealizowano tego planu. Ale powstał wspaniały instrument, w którym bogactwu struktury architektonicznej odpowiadają różnorodność i przepych rokokowej snycerki. Wszystkie elementy tworzą żywy obraz, swoiste theatrum instrumentorum. Figury aniołów, jedne dmące w trąby lub puzony, inne dzwoniące dzwoneczkami, zdają się akompaniować wirującym słońcom i gwiazdom. Dodatkowe efekty akustyczne miały unaoczniać w zamyśle twórców muzykę sfer niebiańskich i dawać złudzenie dźwięków ponadnaturalnych. Całe to widowisko wizualne i akustyczne miało skłaniać słuchacza do kontemplacji i modlitwy. Organy oliwskie, jedne z największych i najświetniejszych instrumentów europejskich swego czasu, były ostatnim dziełem kultury I Rzeczypospolitej.