Organy w archikatedrze oliwskiej składają się z dwóch części – centralnej i bocznej, na których organista może grać równocześnie, z jednej klawiatury, uzyskując efekt naturalnej stereofonii. Instrument główny mieści się na chórze, drugi – z lewej strony, przy wejściu do świątyni, trzeci – po prawej stronie ołtarza. Charakteryzują się wyjątkowo dużą liczbą rejestrów (zwłaszcza basowych, co nie zdarzało się w XVIII w.). Piszczałki zostały wykonane z drewna lipowego, dębowego i jodłowego oraz z cyny. Największe z nich sięgały 10 m, a najmniejsze – kilkanaście centymetrów. Stół do gry, usytuowany na środku, był złożony z trzech klawiatur ręcznych i jednej nożnej (obejmującej 32 rejestry). Klawisze z wentylami piszczałek połączone były mechanicznie za pomocą traktury. Powietrze dostarczano poprzez kanał wiatrowy z wielofałdowych miechów, uruchamianych przez 14 czerpaków obsługiwanych przez 4 do 7 kalikantów. Prawdziwe bogactwo organów kryje się jednak w szafie, która stanowi obudowę dla wszystkich elementów wchodzących w skład instrumentu.

W ostatnich latach firma Zdzisława Mollina przeprowadziła gruntowną renowację zabytkowego prospektu. Odrestaurowano 445 piszczałek wykonanych jeszcze przez Jana Wulffa. W 2003 r. przebudowane zostały organy chórowe, które od tej pory posiadają 17 rejestrów. Oprócz tego zainstalowany został nowy elektroniczny stół gry, umożliwiający szybki wybór spośród 64 kombinacji ustawień instrumentu. Ostatnie renowacje i przebudowa oraz nowy kontuar pozwalają w większym stopniu korzystać z możliwości instrumentu, przyciągającego do Oliwy słuchaczy i turystów z najdalszych zakątków świata.

Oprawa muzyczna liturgii jest podstawową funkcją organów oliwskich. Jednak służą one nie tylko celom sakralnym. Archikatedra jest również ważnym ośrodkiem koncertowym, w którym przez cały rok organizowane są wydarzenia kulturalne.

Od 66 lat odbywa się tutaj Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej. Gdański cykl koncertów muzyki poważnej jest najstarszym festiwalem organowym w Polsce i Europie. Oliwskie organy już ponad pół wieku ożywają muzyką mistrzów i dzieł zarówno dawnych, jak i nowych wykonań. Jest to instrument o niespotykanym brzmieniu, konstrukcji i wyjątkowych możliwościach. MFMO jest niebywałą okazją do poznania bogactwa dźwięku organów archikatedralnych i usłyszenia światowej sławy wykonawców. Prezentowany jest szeroki wachlarz muzyki organowej – można wysłuchać muzyki dawnej i współczesnej. Festiwal ma w swojej historii również wiele wykonań prapremierowych oraz koncerty łączone, z orkiestrą.

MFMO na stałe wpisał się w kalendarz najważniejszych wydarzeń kulturalnych Gdańska. Może pochwalić się ogromną liczbą słuchaczy, rokrocznie jest odwiedzany przez ponad 2 tys. osób, nie tylko mieszkańców Trójmiasta, ale również polskich i zagranicznych turystów. Ponad 65-letnia tradycja wydarzenia przyczyniła się do zdobycia wiernych fanów, którzy uczestniczą niemal we wszystkich wtorkowych i piątkowych koncertach. Festiwal promuje także Gdańsk jako jeden z najważniejszych ośrodków muzycznych w Europie.

Przez cały rok odbywają się również koncerty organowe dla turystów. Podczas takich prezentacji, oprócz klasyki takiej jak „Toccata” i „Fuga d-moll” Jana Sebastiana Bacha, wykonywane są również utwory popularne – muzyka filmowa i z bajek.

Oliwskie organy są jednym z najcenniejszych trójmiejskich zabytków. Trudno wyobrazić sobie turystę, który przyjechałby do Trójmiasta i nie zobaczył ul. Długiej w Gdańsku, molo w Sopocie i nie zwiedził archikatedry oliwskiej.