W południowym ambicie oliwskiej świątyni znajduje się kaplica Świętego Krzyża, zwana też Kaplicą Opacką. Jest to najstarsza spośród kaplic w archikatedrze – powstała prawdopodobnie jeszcze w XV wieku. Swój rokokowy wystrój z 1745 r. zawdzięcza pochodzącemu z Pragi sopockiemu mistrzowi Ignacemu Millerowi, który rok wcześniej wykonał wystrój kaplicy Pięciu Ran. Wchodzi się do niej po pokonaniu 10 stopni, wiodących na wysokość niemal 2 m. Wyższe usytuowanie kaplicy związane jest z istniejącą pod nią kryptą, w której od 1910 r. spoczywają prochy Adama Trebnica (ok. 1570–1630), opata oliwskiego w latach 1616–1630, a od 1971 r. chowano w niej biskupów gdańskich.

Dawniejsze gotyckie wejście do kaplicy, zgodnie z zamierzeniem I. Millera, zmieniono w łukowe przejście, zdobiąc je stiukiem. Zwieńczono je gałęziami palm oraz krzyżem, kotwicą i sercem – symbolami wiary, nadziei i miłości. Wewnętrzna strona wejścia ozdobiona jest płaskimi, prostokątnymi lizenami w odcieniach szarości, kontrastującymi z brązowoczerwonym odcieniem filarów bocznych. W środku gotyckiego sklepienia przebito otwór i umieszczono tam owalną latarnię kopuły. Pozostałe części sklepienia tworzą wraz ze ścianami, zbudowanymi na planie sześciokąta, owalne pomieszczenie zwieńczone kopułą. Malowidła dzielą ją na kasetony z różami stylizowanymi na jasnoszarym tle. Barwny stiuk zdobi ściany aż do początku sklepienia. Ściany podzielone są na pola przez konsole w kształcie kadzielnic. Malowidła przedstawiają narzędzia męki Pańskiej. Na wschodniej ścianie znajduje się płaskorzeźba przedstawiająca św. Jacka, na ścianie zachodniej widnieje św. Józef z Dzieciątkiem.

Ołtarz kaplicy w kształcie sarkofagu umieszczono przy południowej ścianie. Po obu jego stronach stoją niebieskie kolumny z korynckimi kapitelami. Między nimi znajduje się oparty o środkowy filar między oknami krucyfiks ze stiuku, u stóp krzyża klęczy pogrążona w bólu św. Magdalena. Z lewej strony, przed niszą okienną, stoi figura Matki Bożej, ocierającej welonem łzy. W prawej niszy okiennej można zobaczyć figurę św. Jana w rzadko przedstawianej pozie – załamuje ręce i spogląda ze smutkiem w stronę krzyża. Sklepienie nad krzyżem podwyższono łukowo, a na kopule artysta ułożył chmury ze stiuku wyobrażające niebo. Tam umieścił oko opatrzności Bożej, otoczone aniołami i złotymi promieniami. Ponad kolumnami klęczą w chmurach dwa anioły z rękami złożonymi do modlitwy, które patrzą ze smutkiem na krzyż. Płaskie filastry wyłożono lustrami. Przed mensą ołtarza znajduje się „grób Chrystusa”, wykonany w 1891 r., za czasów proboszcza ks. Nikolausa Kryna, który dla potrzeb wielkopiątkowej liturgii zastąpił stary krzyż.

Tuż pod kaplicą Świętego Krzyża można dostrzec schody prowadzące do ciężkich, metalowych drzwi w dole. Za nimi znajduje się Krypta Biskupów Gdańskich. Swój funeralny charakter zyskała już przed wiekami. Tutaj chowano znaczniejszych mnichów, a potem gdańskich biskupów. Spoczywają w niej ordynariusze Edward O’Rourke, pierwszy biskup gdański, oraz Edmund Nowicki i Lech Kaczmarek. Obok nich znajdują się trumny biskupów pomocniczych Kazimierza Kluza i Zygmunta Pawłowicza. Spoczywa tu także abp Tadeusz Gocłowski, zmarły w 2016 r. pierwszy metropolita gdański. W tym gronie gdańskiego episkopatu brakuje jedynie ciała Karola Marii Spletta, którego grób znajduje się w Düsseldorfie.

W 2010 r. kryptę poddano gruntownej modernizacji. Jednopoziomowe, niewielkie pomieszczenie było za małe i nie miało wentylacji. Dzisiaj krypta spełnia wszystkie warunki sanitarne i daje godne miejsce spoczynku gdańskim biskupom. Dobudowano nowy, głębszy poziom, stworzono odpowiedni system wentylacyjny oraz przyozdobiono jej wnętrze figurą Chrystusa Zmartwychwstałego autorstwa znanego gdańskiego rzeźbiarza Wawrzyńca Sampa.

Podczas rozbudowy odnaleziono także 57 pochówków cysterskich, pochodzących z XVI wieku. Kości oliwskich zakonników zebrano i złożono w specjalnie przygotowanych ossuariach, które znajdują się na pierwszym poziomie.

Krypta nie jest przeznaczona do zwiedzania. Otwiera się ją jedynie w rocznice śmierci poszczególnych biskupów oraz w uroczystość Wszystkich Świętych i Dzień Zaduszny. Podczas dorocznej Mszy św. w intencji zmarłych biskupów i kapłanów, odprawianej w oliwskiej katedrze w pierwszy czwartek po uroczystości Wszystkich Świętych, do krypty udaje się liturgiczna procesja.