Zaraz przy głównym wejściu, na zachodniej ścianie, zobaczyć można najstarszy na Pomorzu nagrobek rodziny Kosów. Jego powstanie datuje się na lata 1599–1600. Pomnik wykonany został z alabastru, marmuru oraz piaskowca. Co ciekawe, wspomniany nagrobek znajdował się – do czasów kasaty opactwa – w nawie głównej świątyni. Kiedy kościół stał się siedzibą parafii, nagrobek przeniesiono, aby zwolnić miejsce na dodatkowe ławki.

Przedstawione na nim postacie mają rozmiary zbliżone do naturalnych. Klęcząca naprzeciwko siebie para to małżonkowie – Justyna i Mikołaj. Obok klęczą ich synowie – między rodzicami zmarły w dzieciństwie Jan, a za ojcem – Andrzej. Przy krzyżu odnajdziemy natomiast Feliksa, opata pelplińskiego. Na czole płyty umieszczono fryz z ośmioma herbami.

To monumentalne dzieło zamówiła Justyna Kos, a jego powstanie przypisuje się Wilhelmowi van den Blockemu, chociaż źródła historyczne wskazują, że tylko postacie małżonków noszą znamiona dłuta wspomnianego artysty. Nagrobek Kosów wywarł wpływ na późniejsze realizacje o tej tematyce. Przykładem jest znajdujący się w bazylice Mariackiej nagrobek Bahrów.

Idąc dalej nawą północną, za opisanym już w poprzednim odcinku cyklu ołtarzem Wszystkich Świętych, warto na chwilę zatrzymać się przy kaplicy chrzcielnej św. Jana Nepomucena, która została do wspomnianej nawy dobudowana w pierwszej dekadzie 1600 roku. Początkowo poświęcona była Pięciu Ranom Chrystusa, apostołom Filipowi i Janowi Ewangeliście. Dopiero, kiedy w 1740 r. do Oliwy trafiły relikwie św. Jana Nepomucena i św. Barbary, zaczęła ona służyć powstałemu Bractwu św. Nepomucena. Natomiast w 1831 r., kiedy kościół stał się parafialnym, do kaplicy przeniesiono chrzcielnicę z pobliskiej świątyni św. Jakuba.

Charakteryzuje ją piękny rokokowy wystrój. Płaskorzeźba w ołtarzu wykonana została z białego stiuku i przedstawia św. Jana Nepomucena trzymającego w rękach swój język (zginął śmiercią męczeńską, broniąc tajemnicy spowiedzi), klęczącego przed Najświętszą Maryją Panną z Dzieciątkiem. Wśród znajdujących się w kaplicy figur odnaleźć można również św. Floriana oraz św. Wacława, a także rzeźbę św. Barbary. Sufit kaplicy zdobi malowidło mające odzwierciedlać otwierające się niebo. Natomiast w posadzce przed ołtarzem znajduje się duża płyta nagrobna z czarnego granitu. Jest to miejsce spoczynku dobroczyńców klasztoru – Jerzego Konopackiego oraz jego żony Anny, siostry opata Dawida Konarskiego.

W dalszej części nawy, tym razem na filarze – czwartym od zachodniej strony – znajduje się gotycka inskrypcja. Jest w tym miejscu nieprzypadkowo, gdyż to właśnie tu stykają się fundamenty kościoła romańskiego, który ucierpiał w wielkim pożarze z 1350 r., i gotyckiego, odbudowanego przez cystersów. Napis z 1386 r. to pamiątka konsekracji 10 nowych ołtarzy, które ufundował, a następnie poświęcił biskup chełmiński Stephanus.

W nawie północnej znajdziemy jeszcze m.in. cztery ołtarze. Ten umiejscowiony najbliżej wspomnianej inskrypcji to ołtarz świętych Szczepana, Wawrzyńca i Wszystkich Męczenników. W obecnym miejscu stanął już w 1594 r. i, podobnie jak kolejne ołtarze, został konsekrowany 9 sierpnia tego samego roku przez Hieronima Rozrażewskiego, biskupa włocławskiego. Autorem znajdującego się w centralnej części obrazu jest gdański malarz Ambrosius Sprengel. Przedstawił on scenę ukamienowania św. Szczepana. To dzieło należy do najcenniejszych w katedrze oliwskiej. Obraz następnego ołtarza – św. Michała Archanioła i Wszystkich Aniołów pędzla Michała Probenera – uznany jest za najpiękniejszy w archikatedralnym wnętrzu. Ukazuje moment, w którym archanioł Michał strąca Lucyfera w otchłań piekielną. To zobrazowanie słów z Ewangelii św. Łukasza: „Widziałem szatana spadającego z nieba jak błyskawica” (Łk 10,18).

W dalszej części nawy znajduje się pochodzący z 1638 r. ołtarz św. Antoniego. Został ufundowany przez Petrusa Ericiusa, który za czasów opata Jana Grabińskiego był adwokatem klasztoru. Zapisał 200 talarów oraz całą swoją bibliotekę na poczet budowy ołtarza, przed którym został pochowany.

Ostatni jest ołtarz Najświętszego Sakramentu. W centralnej części znajduje się obraz przedstawiający moment nawrócenia ekskomunikowanego księcia Wilhelma z Akwinu przez św. Bernarda z Clairvaux, trzymającego w dłoniach Hostię. W zwieńczeniu ołtarza odnaleźć można ciekawe malowidło, przywodzące na myśl róże odnoszące się do siedmiu sakramentów.