Zanim jednak na dobre pochłoną nas skarby wspomnianej już części kościoła, zajrzymy do jednej z kaplic podwieżowych. Mowa o kaplicy św. Rajnolda, od 2016 r. znanej jako kaplica Jezusa Miłosiernego, w której codziennie odbywa się adoracja Najświętszego Sakramentu. Dawniej właśnie tutaj znajdowała się kopia „Sądu Ostatecznego” Hansa Memlinga oraz XV-wieczna Pieta. Zarówno rzeźba, jak i obraz zmieniły swoją lokalizację, ale nadal są w bazylice, o czym napiszemy w kolejnych odcinkach cyklu. W kaplicy znajduje się obecnie kopia wileńskiego obrazu Jezusa Miłosiernego, wykonana przez gdańskiego malarza Rafała Dembskiego. Po opuszczeniu kaplicy warto spojrzeć w górę, bo nad wejściem znajduje się powstałe w 1651 r. epitafium rodziny Guldensternów.

Kontynuując wędrówkę, zatrzymajmy się na dłużej przed pierwszą kaplicą. Kaplica św. Marii Magdaleny została ufundowana przez gdańszczanina Jana Domicellusa zaraz po ukończeniu budowy pierwotnej bazyliki. Papież Urban VI już w 1378 r. obdarował kaplicę przywilejem odpustowym. Około roku 1436 kaplica stała się własnością cechu kramarzy. Służyła do pochówku braci cechowej, co spowodowało, że w 1477 r. padła ze strony kramarzy prośba o powiększenie powierzchni kaplicy. Rozpatrzono ją pozytywnie. Dawniej w kaplicy znajdowały się alegoryczne obrazy przestawiające działalność kupiecką oraz o tematyce religijnej. Obecnie znajduje się tam epitafium Michała Loitza, którego rodzina wywodziła się z dynastii kupców z Greifswaldu. Wykonano je w formie tryptyku. Centralna część to alabastrowy, trójkondygnacyjny niderlandzki ołtarzyk. Oprawiony został w drewnianą ramę z malowaną groteskową dekoracją. W dolnej partii znajduje się płaskorzeźba przedstawiająca „Ukrzyżowanie Chrystusa”. Druga kondygnacja zawierała rzeźbę „Złożenie do grobu”, która zaginęła w czasie wojny. Trzecia kondygnacja to relief ukazujący „Zmartwychwstanie”. Na łukach zwieńczenia epitafium znajdują się dwie rzeźby będące alegoriami Wiary i Nadziei. Dawniej pod częścią centralną znajdowała się tablica inskrypcyjna. Epitafium powstało w 1561 roku.

Idąc dalej, mijamy kaplicę Świętej Trójcy, którą pierwotnie urządzał cech szewców. Na jej wschodniej ścianie znajduje się obecnie ołtarz św. Marcina, nazywany także ołtarzem Dwunastu Apostołów. Pochodzi z 1430 r., a jego właścicielem był cech krawców. Jest to pentaptyk z dwiema parami ruchomych skrzydeł. W środku zobaczyć można drewniane, polichromowane i złocone rzeźby przedstawiające rozesłania apostołów. W centrum umiejscowiona została rzeźba całej postaci Chrystusa Zmartwychwstałego, otoczonego chmurzastym ornamentem. Prawą rękę ma uniesioną ku górze w geście błogosławieństwa, a lewą trzyma zamkniętą książkę oraz koniec banderoli otaczającej kolisty nimb wokół Jego głowy. Widnieje na niej napis: „Idźcie na cały świat i głoście, mówiąc: Kto uwierzy i przyjmie chrzest, będzie zbawiony” (Mk 16,15-16). Po obu stronach Chrystusa ustawione zostały cztery figurki apostołów: św. Macieja z kijem jako fragmentem ułamanej lancy, św. Bartłomieja w szacie z kołnierzem z gronostajów, św. Mateusza i św. Jakuba Starszy z laską pielgrzyma. Każdy apostoł trzyma również banderolę. Na nich wypisane zostały imiona świętych oraz fragmenty Credo – apostolskiego symbolu wiary. Figury stały pierwotnie najprawdopodobniej w innych kwaterach, gdyż zapisane na banderolach fragmenty nie są ułożone w kolejności. W otwartych skrzydłach dostrzec można puste miejsca. Tam znajdowało się pozostałe osiem figur, które uległy zniszczeniu jeszcze przed II wojną światową.

Po zamknięciu skrzydeł wewnętrznych ukazuje się scena koronacji Najświętszej Maryi Panny. Obok Maryi i Chrystusa widnieją: św. Piotr z kluczem i księgą, św. Jan z kielichem w jednej dłoni i pozdrawiający drugą ręką, św. Paweł z księgą i mieczem oraz św. Jakub Starszy w kapeluszu, z muszlą i laską pielgrzyma. Na awersach zewnętrznych skrzydeł ruchomych namalowana została pozostała ósemka apostołów. Na lewym skrzydle: św. Juda Tadeusz z księgą i pałką, który jest zwrócony do św. Jakuba Młodszego z laską w jednej dłoni i pozdrawiający drugą ręką, św. Maciej z toporem, św. Bartłomiej z księgą i kordelasem. Na prawym widoczni są: św. Andrzej z krzyżem w kształcie litery X, św. Tomasz z księgą i włócznią, św. Szymon Gorliwy z księgą i piłą oraz św. Filip w szacie z krzyżem patriarchalnym. Po zamknięciu malowanych skrzydeł zewnętrznych ukazuje się scena zwiastowania. Na skrzydłach namalowani zostali Archanioł Gabriel, Maryja Panna i Duch Święty w postaci gołębicy. W prawej ręce anioła znajduje się szarfa z napisem: „Zdrowaś, łaski pełna”.