Ufundowana została pod koniec XIV w. przez Willama von Oringena i jego siostrzeńca Jana. Po śmierci rajcy Willama – jeszcze przed rokiem 1404 – rozpoczął się spór o prawo patronackie względem kaplicy. Ostatecznie po ponad 40 latach powróciła ona pod opiekę rodziny von Oringenów. W XVI w. kaplica zyskała miano „błękitnej kaplicy niebiańskiej”. Nazywano ją również „kaplicą św. Anny z błękitnym sklepieniem”. Należała wówczas do Marka Osterricha i Joachima Klauschego, następnie do rodziny Sidinghausenów. W 1639 r. przed kaplicą pochowany został Martin Opitz. Zmarły 20 sierpnia niemiecki poeta i teoretyk literatury był historiografem Władysława IV Wazy, a także autorem libretta do pierwszej niemieckiej opery „Daphne”. Kaplica do połowy XVIII w. należała do różnych krewnych z rodziny Sidinghausenów, natomiast w 1764 r. przeszła na własność Kościoła. Nie trwało to długo, bo w tym samym roku kupił ją burmistrz Karol Groddeck. Została zamknięta drewnianą rokokową kratą z herbem rodu. Do 1814 r. służyła jako miejsce pochówku członków rodziny Groddecków, aby ostatecznie w grudniu 1839 r. przejść ponownie na własność Kościoła.

Obecnie w kaplicy św. Anny znajduje się wspaniała, prawie dwumetrowa rzeźba. Jest to Piękna Madonna Gdańska, której autor nie jest znany. Wiadomo natomiast, że powstała ok. 1420 r. w Gdańsku. Źródła historyczne sugerują, że wspomniany rzeźbiarz wywodził się z warsztatu mistrza, który wykonał zaginioną w czasie wojny Piękną Madonnę Toruńską. Co ciekawe, gdańska Madonna nie jest jedynym dziełem tego autora. Pozostawił po sobie również m.in. znajdującą się w Gdańsku Madonnę wykonaną z miękkiego kamienia wapiennego, która stała dawniej przy południowym filarze ołtarza głównego, skąd w 1877 r. została przeniesiona do kaplicy św. Rajnolda. Tam znajdowała się aż do II wojny światowej. Przetrwała działania zbrojne, ponieważ została obłożona workami z cementem i ukryta w świątyni.

Maryja ubrana jest w czerwoną suknię ze złotymi zdobieniami. Na jej ramionach znajduje się niebieski, miękko opadający płaszcz ze złotą lamówką i rozetami. Jej głowę zdobi okazała korona. Twarz Madonny jest łagodna, spokojna. Jej niebieskie oczy są lekko przymknięte, a na ustach maluje się delikatny uśmiech. Wzrok zwrócony ma na jabłko, które trzyma w lewej dłoni. Prawą zaś ręką podtrzymuje małego, złotowłosego Jezusa, który wyciąga dłonie w stronę trzymanego przez Matkę owocu. Tło dla wizerunku Maryi i Jezusa stanowi szafa, która powstała w latach 1515–1520. Według źródeł historycznych, pochodzi ona z gdańskiego warsztatu, który związany był z kręgiem mistrza Pawła. Tylna ściana jest nieruchoma. Natomiast boczne drzwi przymocowane są do niej zawiasami i tworzą w sumie sześć skrzydeł.

Za Madonną widać glorię promienistą i wieniec składający się z 63 róż. Przeplata ją siedem medalionów ze scenami pasyjnymi. Jak wskazują badania nad historią modlitwy różańcowej, różaniec złożony z siedmiu tajemnic był znany szczególnie wśród franciszkanów i brygidek. Jego powstanie łączy się ze św. Brygidą, która polecała swoim siostrom odmawianie 63 Ave Maria i 7 Pater noster dla uczczenia 63 lat, które Najświętsza Maryja Panna przeżyła na ziemi.

Patrząc od dolnej, lewej strony, na medalionach przedstawiono: ostatnią wieczerzę, modlitwę w Ogrójcu, biczowanie, cierniem ukoronowanie, obnażenie z szat, ukrzyżowanie, opłakiwanie. Ósmy medalion znajduje się w górnej ścianie szafy, powyżej głowy Madonny. Umieszczono na nim przedstawienie Świętej Trójcy. Tylko ostatnia wieczerza i biczowanie to oryginalne, XVI-wieczne elementy. Pozostałe tonda, które nie przetrwały wojennej zawieruchy, zostały zrekonstruowane przez gdańskich rzeźbiarzy.

Doły różanego wieńca zamykają dwie grupy klęczących postaci. Mają złożone ręce i twarze zwrócone ku Matce Bożej. Po prawej stronie są to przedstawiciele duchowieństwa: papież, kardynał i biskup w strojach pontyfikalnych, doktor teologii w birecie, mnich tonsuratus, mniszka w kornecie, kapłan w czapce i kleryk w kapturze. Natomiast po lewej stronie znajdują się laicy wszystkich grup i stanów: król i książę w koronach i bogatych szatach, rycerz w zbroi, mieszczanin, kupiec, mężatka w wysokim, błękitnym czepcu, młodzieniec z ciemnymi, kręconymi włosami i jasnowłosa panna ze złotym diademem na głowie.

U góry, ponad skrajnymi medalionami, znajdują się dwie półpostacie – po lewej: biskup bez atrybutów (najprawdopodobniej jest to św. Wojciech), a po prawej – św. Franciszek ze stygmatami i krzyżem. Malowane skrzydła zdobią motyw Ecce Homo oraz wizerunki świętych: – Klary, Antoniego Padewskiego, Brygidy, Elżbiety, Katarzyny Szwedzkiej oraz Bernardyna ze Sieny.