Obowiązki dowódcy Flotylli po kontradmirale Marianie Amborziaku przejmie kmdr Mirosław Mordel. Kontradmirał Marian Ambroziak dowodził 3. Flotyllą Okrętów od czerwca 2012 roku. W tym czasie okręty Flotylli wielokrotnie brały udział w międzynarodowych ćwiczeniach i operacjach bojowych na Bałtyku, Morzu Północnym i Atlantyku. Dowodzona przez kontradmirała Flotylla gościła okręty kilkudziesięciu bander z całego świata. M. Ambroziak obejmie teraz stanowisko Zastępcy Szefa Inspektoratu/Szefa Zarządu Morskiego w Dowództwie Generalnym Rodzajów Sił Zbrojnych w Warszawie.

Zmiany w strukturach Sił Zbrojnych wynikają z reformy przygotowanej przez Ministerstwo Obrony Narodowej, w wyniku której przestaną istnieć cztery odrębne dowództwa rodzajów sił zbrojnych. Są to dowództwa Wojsk Lądowych, Sił Powietrznych, Marynarki Wojennej i Wojsk Specjalnych. Zastąpi je Dowództwo Generalne Rodzajów Sił Zbrojnych. Do jego zadań będą należeć szkolenie, przygotowanie armii do działania i funkcjonowanie wojska w czasie pokoju. Drugim organem, który przejmie dotychczasowe obowiązki rozformowanych instytucji, będzie Dowództwo Operacyjne Rodzajów Sił Zbrojnych. Będzie ono odpowiadać za wojska działające w misjach zagranicznych i jednostki przejmujące dowodzenie w razie kryzysu i na wypadek wojny.