Kiedy w 1409 roku przedstawiciele gdańskiej Gildii Szyprów występowali o pozwolenie na budowę szpitala zapewniającego posługę chorym marynarzom i ich rodzinom, miastem władał zakon krzyżacki. Szyprowie powoływali się wówczas na swoje męstwo podczas rozegranej w 1398 roku zwycięskiej dla zakonu bitwy morskiej z siłami Uni Kalmarskiej pod Gotlandią. Na zgodę Krzyżaków przyszło im jednak poczekać ponad rok, do klęski zakonu pod Grunwaldem. – Wielki Mistrz Krzyżacki Henryk von Pla- uen daje im to miejsce z warunkiem, że mają się modlić po wsze czasy za Wielkiego Mistrza Ulricha von Jungingena, wszystkich rycerzy i braci zakonnych, którzy tam zginęli – wyjaśnia ks. dr Leszek Jażdżewski, historyk, autor książki o dziejach Kościoła na ziemi gdańskiej. Wraz ze szpitalem dla posługi duchowej miał powstać także i kościół, w którym pensjonariusze mogliby się modlić i korzystać z sakramentów. – Zgodę na powstanie szpitala dawali Krzyżacy, ale decyzję na stworzenie duszpasterstwa musiał wydać biskup włocławski, w którego jurysdykcji znajdował się Gdańsk. Dlatego właśnie 18 marca 1415 roku to wikariusz generalny diecezji włocławskiej Ulrich konsekrował świątynię – dodaje ks. Jażdżewski. Posługę duszpasterską w kościele i szpitalu objęli wówczas kapłani diecezjalni. Co ciekawe, swoje duszpasterstwo mogli sprawować jedynie na terenie należącej do morskiej korporacji placówki.