Kościół św. Jana jest siedzibą Nadbałtyckiego Centrum Kultury, miejscem koncertów i wystaw. W niedziele i święta pełni role sakralne. Nadbałtyckie Centrum Kultury, po 25 latach, zakończyło proces odbudowy i konserwacji kościoła. Najcenniejszy i największy zabytek odbudowywanej od lat gdańskiej świątyni – ołtarz główny – wygląda dziś tak samo jak 400 lat temu, kiedy modlili się przed nim gdańscy luteranie.