Szkoła, prowadzona przez Stowarzyszenie SKWER jest jedyną w Gdańsku placówką oświatową działająca według zasad edukacji zróznicowanej. Siedziba szkoły mieści się w budynku dawnego Gimnazjum nr 23. Teraz obiekt służy kolejnym pokoleniom dzieci dzięki zaangażowaniu kadry pedagogicznej, działaczy stowarzyszenia i rodziców. Kształcenie i wychowanie we „Fregacie” oparte jest na wartościach chrześcijańskich i na metodach dostosowanych do specyficznych potrzeb i preferencji małych chłopców, dzięki czemu – jak zapewnia kadra nauczycielska placówki – możliwe jest osiąganie dużo lepszych efektów edukacyjnych. 

- To dzieło, które powstało z dobrej woli rodziców, a wszystko ukierunkowane jest na was drogie dzieci – mówił do uczniów szkoły abp Sławoj Leszek Głódź. – Fregata daje możliwość wypłynięcia na szerokie wody. Zatem wypływajcie w świat, w przyszłość i na spotkanie z Bogiem.

W uroczystości wzięli także udział przedstawiciele władz Gdanska z prezydentem Pawłem Adamowiczem oraz wojewódzkich z wicemarszałek Hanną Zych-Cichoń. Wśród zaproszonych gości nie zabrakło rodziców i przedsiębiorców wspierających placówkę materialnie.

- Rodzice posyłając swoich synów do tej szkoły podjęli świadomą decyzję, by dokonać powrotu do pewnych tradycyjnych wartości – mówił prezydent Adamowicz. – To pozytywny eksperyment, który jest chyba potrzebny. Europa jest na zakręcie kutlurowym, warto zatrzymać się, czy kierunek jaki ona obiera jest właściwy. Może ta szkoła przyczyni się także do tego, że powrócimy do tradycyjnych ról ojców i matek.

Warto zaznaczyć, że wychowanie w szkole rozumiane jako przedłużenie wychowania w domu rodzinnym. Rodzice mają pełnić w tym systemie role pierwszych i najważniejszych wychowawców, a nauczyciele maja ich w tym zadaniu wspierać.

Szkoła i przedszkole mieści się w budynku przy ul. Cystersów 13. Uczy się tutaj 112 dzieci.