Uroczystościom pogrzebowym przewodniczył abp senior Tadeusz Gocłowski. Udział w nich, oprócz rodziny, przyjaciół i współpracowników oraz uczniów profesora Bauma wzięli także kapłani z Gdańska, Elbląga i Malborka. Słowo kondolencyjne od metropolity gdańskiego abp. Sławoja Leszka Głódzia odczytał ks. infułat Stanisław Bogdanowicz.
"Przekazuję szczere wyrazy współczucia, trwając w modlitwie za duszę zmarłego, w chrześcijańskiej nadziei zmartwychwstania, i zapewniam o swojej łączności z rodziną. Niech pokładana w Chrystusie Zmartwychwstałym nadzieja na spotkanie będzie dla wszystkich, których ta śmierć pogrążyła w żałobie, źródłem ufności i pokoju serca" - pisał m.in. metropolita gdański.
Prof. Szczepan Baum był wybitnym architektem, twórcą, nauczycielem, a przede wszystkim człowiekiem głębokiej wiary. Pozostawił po sobie kilkadziesiąt kościołów w Gdańsku, Elblągu i innych miastach Pomorza. Niektóre z nich to: kościół pw. Matki Boskiej Brzemiennej w Gdańsku-Matemblewie, kościół pw. św. Jacka w Straszynie, kościół pw. Matki Boskiej Licheńskiej w Gdyni-Babich Dołach oraz świątynia w Wejherowie. Zaprojektował terminal pasażerski Portu Lotniczego im. Lecha Wałęsy w Gdańsku, Galerię Bałtycką i Galerię Madison w Gdańsku, wydział Prawa i Administracji Uniwersytetu Gdańskiego, pomnik Jana Pawła II i Ronalda Reagana w Gdańsku.
Jego życzeniem było, aby po śmierci pochowano go na cmentarzu straszyńskim, nieopodal zaprojektowanego przez niego kościoła pw. św. Jacka.