W południowej części ambitu katedry, po jego zewnętrznej stronie, znajduje się kaplica Krzyża Świętego. Tuż pod nią można dostrzec schody prowadzące do ciężkich, metalowych drzwi. Za nimi znajduje się Krypta Biskupów Gdańskich. To właśnie tam 6 maja spocznie trumna z ciałem abp. Tadeusza Gocłowskiego.

Krypta swój charakter zyskała już przed wiekami. Tutaj chowano znaczniejszych mnichów. Znajdują się tu m.in. szczątki opata Adama Trebnica (1570-1640), który umarł w opinii świętości. Od 1971 roku krypta stała się miejscem pochówków gdańskich biskupów. Spoczywają w niej ordynariusze Edward O’Rourke, pierwszy biskup gdański, oraz Edmund Nowicki i Lech Kaczmarek. Obok nich znajdują się trumny biskupów pomocniczych Kazimierza Kluza i Zygmunta Pawłowicza. Brakuje jedynie ciała Karola Marii Spletta, którego grób znajduje się w Düsseldorfie.

W 2010 roku, z inicjatywy abp. Głódzia, kryptę poddano gruntownej modernizacji. Jednopoziomowe, niewielkie pomieszczenie było za małe. Nie miało także wentylacji. - Dzisiaj krypta spełnia wszystkie warunki sanitarne i daje godne miejsce spoczynku gdańskim biskupom - mówi ks. Kołkiewicz. Dobudowano nowy, głębszy poziom, stworzono odpowiedni system wentylacyjny oraz przyozdobiono jej wnętrze figurą Chrystusa Zmartwychwstałego autorstwa znanego rzeźbiarza Wawrzyńca Sampa.

Podczas rozbudowy odnaleziono także 57 pochówków cysterskich, pochodzących z XVI w. - Kości cystersów zebrano i złożono je w specjalnie przygotowanych ossuariach, które znajdują się na pierwszym poziomie krypty - opowiada ks. Kołkiewicz.

Krypta, która stanowi szczególne miejsce, nie jest przeznaczona do zwiedzania. Otwiera się ją jedynie w rocznice śmierci poszczególnych biskupów oraz w uroczystość Wszystkich Świętych i Dzień Zaduszny. Podczas dorocznej Mszy św. w intencji zmarłych biskupów i kapłanów, odprawianej w oliwskiej katedrze w pierwszy czwartek po uroczystości Wszystkich Świętych, do krypty udaje się liturgiczna procesja. Podczas ostatniej takiej procesji wraz z innymi biskupami przy trumnach swoich poprzedników modlił się także abp Gocłowski.