Paweł Adamowicz, pasjonat Gdańska, widział szczególną rolę gdańskiego Kościoła. Zarówno tę współczesną, gdy pojawiały się ważne dla miasta i Polski komunikaty i duchowe przesłania, ale także tę historyczną i zabytkową, jako źródło kultury miasta, Polski i Europy. Jako gedanofila szczególnie fascynowały go gdańskie kościoły na Starym i Głównym Mieście.

Jako prezydent Gdańska mocno dbał o żywe i dobre relacje z Kościołem i duchownymi. Dzięki temu znał potrzeby duchownych w kwestiach ochrony zabytkowych świątyń. I nie szczędził wsparcia w tym zakresie.

Największe potrzeby miała „korona Gdańska” – bazylika Mariacka, od czasu zakończenia II wojny światowej praktycznie cały czas w fazie odbudowy. Dzięki osobistemu zaangażowaniu P. Adamowicza już na początku XXI w. udało się wywalczyć unijne pieniądze na remont świątyni i plebanii. Kolejne rozdania europejskich dofinansowań umożliwiły restaurację bazyliki – wymianę okien z witrażami, remont dachu i jego konstrukcji, odnowę elewacji. Cały czas trwa remont wewnątrz bazyliki – restaurowany jest ołtarz główny, zegar astronomiczny wraca do swego pierwotnego kształtu. Wreszcie kończy się również sama budowa kościoła, rozpoczęta w XV wieku – w ubiegłym roku wykonano ostatnią sygnaturkę budowli.

Ksiądz Ireneusz Bradtke, proboszcz bazyliki, podsumowuje zaangażowanie zmarłego prezydenta w remont: – Przeżywał go razem z nami, dopytywał, odwiedzał. Mogę powiedzieć, że bez pomocy jego i Rady Miasta nie mielibyśmy szans na to, żeby rozpocząć te prace. A teraz praktycznie dobiegają już one końca – mówi.

Kiedy 22 maja 2006 r. po południu wybuchł pożar kościoła św. Katarzyny w Gdańsku, prezydent Adamowicz był na miejscu w ciągu 15 minut od zauważenia dymu. Na własne oczy widział, jak w ciągu kilkunastu minut zawaliła się konstrukcja czterech dachów – trzech mniejszych nad prezbiterium świątyni i dużego, nad korpusem głównym. W ogniu ucierpiała też wieża kościoła wraz z wieńczącym ją hełmem i znajdującym się w niej zabytkowym carillonem, który był jego oczkiem w głowie i na który przeznaczał miejskie dotacje.