Nabożeństwo pogrzebowe koncelebrował abp Głódź wraz z bp. Wiesławem Szlachetką i rzeszą kapłanów. W żałobnej liturgii uczestniczył również bp prof. Marcin Hintz z Kościoła ewangelicko-augsburskiego oraz ks. Dariusz Jóźwik, proboszcz prawosławnej parafii św. Mikołaja w Gdańsku.

Na początku liturgii Andrzej Dera, sekretarz stanu w Kancelarii Prezydenta RP, odczytał list prezydenta Andrzeja Dudy. "Śmierć wybitnego uczonego jest zawsze wielką stratą dla jego bliskich i świata nauki. Śp. profesor Jacek Namieśnik zawsze oddany był sprawom publicznym i gotów służyć swoją wiedzą. Jestem głęboko przekonany, że pozostanie on w pamięci jako wzór doskonałego uczonego, dbającego o łączenie wartości teoretycznych prowadzonych prac z ich zastosowaniem w praktyce" - napisał A. Duda. Prezydent pośmiertnie nadał prof. Namieśnikowi Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi dla rozwoju i popularyzacji polskiej nauki. Order na ręce Krystyny Namieśnik, żony zmarłego, przekazał minister Dera w towarzystwie Dariusza Drelicha, wojewody pomorskiego.

Arcybiskup Głódź w homilii przypomniał życie naukowca, z którego płynie głębokie przesłanie dla wiernych i uczniów profesora. - Miał swoje poglądy, jasne i czytelne, i nigdy nie musiał ich odwoływać. Bez układów, koniunktur, systemów. Był sobą i nie ulegał naciskom. Postępował po swojemu, na swoich warunkach, bo był człowiekiem z pasją, której był bezgranicznie oddany i wierny - mówił metropolita. Mszy św. towarzyszyły asysta wojskowa Marynarki Wojennej i oprawa muzyczna w wykonaniu Akademickiego Chóru Politechniki Gdańskiej.

Po Eucharystii słowo pożegnania wygłosili Aleksandra Dulkiewicz, prezydent Gdańska, oraz prof. Bogusław Buszewski, prezes Polskiego Towarzystwa Chemicznego i wieloletni przyjaciel zmarłego naukowca. Zapewnił, że dzieło życia chemika będzie trwać w jego uczniach i dorobku naukowym. Swojego parafianina pożegnał także ks. Mirosław Wensierski, proboszcz parafii  pw. św. Maksymiliana Marii Kolbego w Gdańsku-Osowie, dając świadectwo jego pobożności i zaangażowania w życie parafialnej wspólnoty.