Na lotnisku wojskowym w Gdyni-Babich Dołach 11 czerwca 1987 r. wylądował samolot z Janem Pawłem II na pokładzie. Miało to miejsce podczas trzeciej pielgrzymki Ojca Świętego do Polski, w czasie której odwiedził Gdynię oraz Gdańsk.

Gdy okolice lotniska wizytował bp Marian Przykucki, ordynariusz diecezji chełmińskiej, zobaczył, że jest to piękna okolica dla dobrze zapowiadającej się wspólnoty parafialnej.

1 października 1989 r. dekretem biskupa chełmińskiego została erygowana parafia Matki Boskiej Licheńskiej Bolesnej Królowej Polski i św. Jerzego. Pierwszym proboszczem został mianowany ks. Edmund Skierka, zaangażowany w opiekę duszpasterską nad ludźmi Solidarności. 10 czerwca 1990 r. bp Przykucki poświęcił kaplicę oraz teren pod budowę nowego kościoła.

Na mocy bulli Jana Pawła II „Totus Tuus Poloniae populus” został ustanowiony nowy podział administracyjny Kościoła w Polsce. Wtedy to parafia została włączona do archidiecezji gdańskiej.

14 czerwca 1992 r. miała miejsce bardzo ważna uroczystość – poświęcenie oraz intronizacja kopii obrazu Matki Boskiej Licheńskiej, o którą postarał się ks. Skierka u ojców marianów z Lichenia. – Bardzo mocno czujemy obecność Maryi, to, że Ona z nami jest. Wspiera nas oraz całą naszą parafię – mówi Grzegorz, parafianin.

1 lipca 2009 r. nastąpiła zmiana na urzędzie proboszcza. Dekretem abp. Sławoja Leszka Głódzia nowym duszpasterzem na Babich Dołach został ks. Kordian Gulczyński. – Zawsze marzyłem, aby pracować w parafii wiejskiej. Po święceniach zostałem posłany do Luzina. Później, kiedy trafiłem do posługi duszpasterskiej w Gdyni i Gdańsku, miałem już inne marzenie – żeby być na parafii i na wsi, i w mieście. Koledzy się ze mnie śmiali, że jest to niemożliwe, bo nie ma takiej parafii. Jak się okazuje, jest – parafia w Babich Dołach – opowiada z uśmiechem ksiądz proboszcz.