Początki kościoła NSJ sięgają schyłku XIX wieku. Wtedy to powstała potrzeba budowy katolickiej świątyni na terenie Wrzeszcza. Argumentem był fakt, że pomiędzy Gdańskiem a Oliwą nie było żadnego kościoła. W 1894 roku do biskupa chełmińskiego została wystosowana petycja z prośbą o utworzenie parafii oraz zgodę na budowę świątyni.