Świątynia, w której posługują ojcowie karmelici, znajduje się w sercu gdańskiego Starego Miasta, nieopodal charakterystycznego Wielkiego Młyna. Pierwszy obiekt sakralny w miejscu dzisiejszego kościoła św. Katarzyny mógł powstać, jak przypuszcza Andrzej Januszajtis, znawca historii Gdańska, już w 997 r. i mieć związek z działalnością św. Wojciecha. Wiadomo, że w 1227 r. świątynia już istniała. Z tą datą wielu historyków łączy powstanie parafii przy kościele.