Świątynia w centrum Gdańska, w której posługują gdańscy kapucyni, to rektorski kościół należący do parafii św. Brygidy. Pierwsze wzmianki o nim pojawiają się w zapiskach kronikarskich już w 1308 roku. Wówczas na cmentarzu przy istniejącym w tym miejscu kościele pochowano rycerzy gdańskich, którzy zginęli, broniąc miasta przed Krzyżakami. Już wtedy w potocznym obiegu mówiono o „kościele żeglarskim przy Nowej Grobli”.