Początek parafii pw. NSPJ sięga czasów po zakończeniu II wojny światowej. W odbudowującym się z wojennej pożogi Sopocie liczba wiernych znacznie się zwiększyła. Byli oni wcześniej zgromadzeni wokół parafii NMP Gwiazdy Morza. Sytuacja ta stawała się coraz bardziej uciążliwa dla wiernych i duszpasterzy. W związku z tym teren Sopotu został podzielony pomiędzy cztery parafie. W 1945 r. ks. Andrzej Wronka, administrator apostolski diecezji gdańskiej, organizując struktury lokalnego Kościoła, sprowadzał księży diecezjalnych i zakonnych, którzy zastępowali duchownych zamordowanych w obozach koncentracyjnych. Na zaproszenie odpowiedział szybko o. Bronisław Wilkowski, prowincjał oblatów NMP, który posłał do Gdańska o. Józefa Mańkowskiego, by zorganizował placówkę duszpasterską w pokarmelickim kościele pw. św. Józefa.