Zdrowie i... pożary były od wieków wpisane w dzieje kościoła na gdańskich Długich Ogrodach. Początkowo była to niewielka kaplica przylegająca do szpitala św. Barbary – pierwsza wzmianka o Barbara Capella pochodzi z 1387 roku. Około 1430 r. w tym samym miejscu wzniesiono większą budowlę. Zabudowania szpitalne przylegały do niej od północy. Kaplica, a od 1436 r. kościół należały do parafii Wniebowzięcia NMP na Dolnym Mieście. Już od 1456 r., wraz z dynamicznym rozwojem dzielnicy, kościół św. Barbary stał się samodzielną parafią. W latach 1485–1489 przeprowadzono rozbudowę świątyni. Budynek został przedłużony i podwyższony, otrzymał zakrystię, rozpoczęto budowę wieży. Świątynię planowano jeszcze rozbudować, ale zniweczył to pożar z 14 października 1499 roku. Sprawcami podpalenia byli bracia Maternowie, sławni gdańscy rozbójnicy, którzy usiłowali podpalić całe miasto. Kościół spłonął wraz ze szpitalem i częścią zabudowy Długich Ogrodów.