Powstanie instrumentu w kościele klasztornym wiąże się z opatem Jackiem Rybińskim. Za jego czasów utworzono w konwencie oliwskim chór i zespół muzyczny, wkrótce postanowiono zbudować nowe organy. W 1758 r. przybył – najpierw do Gdańska, a później do Oliwy – Jan Wilhelm Wulff z Ornety, wnuk organmistrza Johanna Georga. Opat zlecił młodemu Wulffowi przebudowę małych organów w transepcie kościoła. Konstrukcja się udała, co spowodowało, że konwent wysłał organmistrza na nauki do Niemiec i Holandii. Po powrocie J. Wulff wstąpił do zakonu cystersów, przybierając imię Michał, i rozpoczął pracę nad wielkimi organami w 1763 roku. Po 25 latach stworzył instrument składający się z 5100 piszczałek w 83 rejestrach.