Uroczystości rozpoczęły się procesją z udziałem biskupa pomocniczego i księży do Krypty Kapłanów Gdańskich w kaplicy św. Rajnolda pod wieżą bazyliki. Zapalono tam znicze i złożono kwiaty przy płycie z nazwiskiem ks. Bogdanowicza. Następnie bp Wiesław Szlachetka przewodniczył Mszy św. z udziałem licznych wiernych. Byli wśród nich członkowie rodziny księdza, przedstawiciele władz państwowych, samorządowych i gdańskiego oddziału IPN.

W homilii bp Szlachetka przypomniał postać zasłużonego proboszcza bazyliki. Obszerne miejsce w rozważaniach poświęcił działalności kapłana, a także przypomniał jego zalety. - Ksiądz infułat Stanisław miał zawsze jasną ocenę rzeczywistości. Pomagało mu w tym światło Ewangelii, która jest mądrością życia i mocą wiodącą do zbawienia. Dlatego zawsze patrzył na każdego człowieka w świetle Ewangelii, którą z ogromnym oddaniem głosił, zarówno wierzącym, jak i niewierzącym. Potępiał każde zło, ale kochał człowieka. Także tego, który zło popełniał, aby go pozyskać dla zbawienia - mówił hierarcha.

Po Mszy św. odbył się wernisaż biograficznej wystawy, opracowanej przez gdański IPN, która została zainstalowana w nawie bocznej bazyliki i ukazuje postać kapłana od narodzin aż do śmierci w 2017 roku. Pokazano działalność ks. Bogdanowicza na wielu polach: jako kapłana, proboszcza najważniejszej gdańskiej świątyni, kapelana opozycji, literata oraz historyka regionalistę.

Autorkami wystawy są Anna Dymek z Wieloosobowego Stanowiska ds. Poszukiwań i Identyfikacji IPN w Gdańsku (jej dziełem jest również wystawa IPN "Żołnierz Kościoła. Ksiądz podpułkownik Józef Zator-Przytocki »Czeremosz« 1912-1978", jest także współautorką prezentacji "Niezłomny. Gen. August Emil Fieldorf »Nil« (1895–1953)") i Anna Kołakowska z Oddziałowego Biura Upamiętnień Walk i Męczeństwa, która jest prywatnie siostrzenicą ks. Bogdanowicza.

Wystawę w świątyni można oglądać do 20 listopada.