Po zdobyciu Gdańska pod koniec marca 1945 roku żołnierze Armii Czerwonej byli sprawcami wielu tragedii na terenie miasta. Jedną z największych stanowił pożar kościoła św. Józefa. 27 marca czerwonoarmiści podłożyli ogień pod obiekty sakralne, paląc wraz z kościołem i klasztorem - żywcem - ponad stu wiernych, głównie kobiety, dzieci i starców, którzy szukali schronienia we wnętrzu świątyni. Mieszkańcy Gdańska, którzy zostali tu zamordowani przez okupanta, nie doczekali się identyfikacji ani pogrzebu.

O dokonanym w tym miejscu ludobójstwie przypomina pamiątkowa instalacja na ścianie oblackiego kościoła. W 2000 r. Kościół gdański nazwał świątynię Sanktuarium Ofiar Nieludzkich Systemów.

Inicjatywę godnego pochówku ofiar agresji sowieckiej wysuwali już wcześniej Misjonarze Oblaci Maryi Niepokalanej. - Prace ekshumacyjne i identyfikacyjne przeprowadza Instytut Pamięci Narodowej. Termin ich zakończenia uzależniony jest od postępu działań - informuje o. Paweł Gomulak OMI, koordynator medialny polskiej prowincji zgromadzenia.

Mimo prac kościół pw. św. Józefa w Gdańsku oraz duszpasterstwa misjonarzy oblatów funkcjonują bez zmian.