Historia żarnowieckiej wspólnoty sięga początków XIII w., kiedy opactwo cystersów w Oliwie otrzymało wieś z nadania książąt pomorskich. Przywilej lokacyjny potwierdził w 1220 r. książę Świętopełk II, a prawdopodobnie w 1235 r. ufundowano klasztor cysterek. Pierwsza świątynia była drewniana. Dokładana data erygowania parafii nie jest znana. Budowę dzisiejszego, murowanego kościoła rozpoczęto ok. 1279 r., po zatwierdzeniu fundacji wraz z posiadłościami przez Mściwoja II. W połowie XIV w. prace zakończono.