Pierwszą wzmiankę o miejscowości datuje się na 1367 r., kiedy komtur gdański Ludeke von Essen odnowił przywilej lokacyjny dla niejakiego Jacoba Schnitzena i jego potomków. Nie jest to jednak początek historii Pruszcza. W dokumencie zostały odnotowane funkcjonujące już kościół i dom parafialny. Wieś była związana ze śluzą na kanale Nowa Radunia, która zaopatrywała Gdańsk w wodę pitną, a okoliczne młyny w siłę napędową. Osada miała duże znaczenie, przez co wielokrotnie była ofiarą działań militarnych. Pruszczańska świątynia należała do katolików nieco ponad 200 lat. Na skutek rosnącej popularności nauk Marcina Lutra ok. 1585 r. została przejęta przez ewangelików. Ten stan rzeczy istniał do XX wieku.