Kościół pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Gdańsku powstał na terenie dzielnicy Chełm, od średniowiecza należącym do katolików. Był to jeden z majątków ziemskich, nadanych biskupowi włocławskiemu w 1286 r. przez księcia gdańskiego Mestwina, ponieważ sprawował nad Gdańskiem władzę duchowną. Nosił on nazwę Nowa Górka i obejmował rozległy obszar przedmieść. W XVII w. stanęły tu aż trzy katolickie świątynie – na Chełmie posługiwali franciszkanie reformaci. Stąd przez ponad 200 lat wyruszały pielgrzymki gdańskich katolików na Kalwarię Wejherowską. W 1813 r. franciszkanie na zawsze opuścili Chełm, na miejscu poreformackiej parceli miasto utworzyło w 1831 r. cmentarz dla zmarłych na cholerę, a potem miejsce innych pochówków.