Kościół św. Jana, z charakterystyczną wieżą górującą nad północną częścią Głównego Miasta, został założony w poł. XIV wieku. Był filią parafialnego kościoła św. Katarzyny na Starym Mieście i służył mieszkańcom „dzielnicy świętojańskiej”. Najprawdopodobniej jeszcze w 1357 r. w okolicy wieży lub zachodniej części korpusu dzisiejszej świątyni położono kamień węgielny pod niewielką kaplicę. Na początku XV w. powstała budowla w zarysie architektonicznym nawiązującym do dzisiejszego kościoła, ale jeszcze bez wieży, która powstała po wygnaniu Krzyżaków z Gdańska, po 1454 roku.