Świątynię wybudowano w I poł. XV w. na miejscu kaplicy istniejącej przy przytułku dla ubogich i chorych oraz leprozorium dla trędowatych. Kaplica znajdująca się przy dzisiejszych Wałach Jagiellońskich została wspomniana po raz pierwszy w dokumencie Konrada von Jungingena. W 1394 r. wielki mistrz krzyżacki wydał dokument pozwalający na wybudowanie miejsca kultu i sprawowanie sakramentów świętych. Najpierw istniał dom szpitalny im. św. Elżbiety, patronki bardzo cenionej przez Krzyżaków. Budowę jednonawowej gotyckiej świątyni z cegieł zakończono przed 1417 rokiem. Prezbiterium połączono z budynkiem szpitala, by umożliwić wiernym uczestnictwo w liturgii. Funkcjonował tu również sierociniec, który w 1549 r. przeniesiono do osobnego, nowo wybudowanego budynku. Przytułek działał w centrum Gdańska przez kilkaset lat, dopiero w XIX w. zmienił lokalizację na dwór w Oliwie.