To jeden z najważniejszych skarbów naszej archidiecezji. I opus magnum sławnego oliwskiego opata Jacka Józefa Rybińskiego (1701–1782), sprawującego rządy w cysterskim klasztorze w latach 1740–1782. Spoczywająca na czterech filarach rokokowa podbudowa unosi organy w obu zachodnich filarach nawy głównej. Filary i przód empory ozdobione są splotami bluszczu i kwiatów, wazami i postaciami aniołów. Organy oraz balustradę zdobią bogate rokokowe dekoracje snycerskie. Figury aniołów trzymają w ruchomych dłoniach trąbki, rogi i dzwonki, które poruszają się dzięki wiatrownicom. Przy zachodnim przęśle na trzech piętrach, sięgających do sklepienia, umieszczono piszczałki. W czasie budowy organów zamurowano w tym celu oba zachodnie okna nawy głównej. Aby wpuścić tu światło dzienne, które miało wspomagać pracę organisty, umieszczono w 1786 r. owalny witraż. Przedstawia on Matkę Bożą z Dzieciątkiem. Po obu stronach pod sklepieniem umieszczono na prospekcie organowym gwiazdy, słońce i księżyc, które również są ruchome.