Powstanie i początkowe dzieje kaplicy nie są znane. Jej historia rozpoczęła się najprawdopodobniej w latach 1360–1380. Wymieniana jest w źródłach z 1389 roku. W 1445 r. jej właś- cicielem był rajca i kapłan Bartel von Süchten. Po reformacji w latach 1570–1700 wpływy beneficjalne zostały przekazane na gdańskie gimnazjum. Pod koniec XVII w. prawo własności kaplicy przeszło na rodzinę Keyserów, następnymi właścicielami byli Dreyerowie, którzy zbudowali kryptę grzebalną i do 1810 r. chowali w niej zmarłych. W tym samym roku kaplica została zamknięta drewnianą obudową i żelazną kratą. W połowie XIX w. znajdowała się w niej tylko pusta, kamienna mensa ołtarzowa, na której obecnie stoi predella ołtarza św. Katarzyny.