Na początku był kościół pw. św. Mikołaja. Jego historia rozpoczyna się w XII wieku. Został zbudowany na skrzyżowaniu dwóch ważnych szlaków handlowych – starożytnej drogi rzymskich kupców Via Mercatorum, którzy przybywali nad Bałtyk po bursztyn, i traktu wiodącego z gdańskiego zamku [znajdował się na Starym Mieście – przyp. red.] do książęcych posiadłości na Pomorzu. Kościół od początku swojej historii miał kosmopolityczny charakter – służył zarówno ludności miejscowej, jak i przybywającym z różnych zakątków świata kupcom i żeglarzom. Wszak w średniowieczu św. Mikołaj był m.in. patronem żeglarzy i marynarzy.