Jedna z najstarszych gdańskich świątyń dziś jest trzynawową halą. Kościół przykrywa potrójny dach, nad każdą nawą z osobna. Wewnątrz sklepienia wspierają się na 10 ośmiobocznych filarach. Nawa północna przechodzi ku wschodowi w kaplicę św. Jacka, zaś południowa – w kaplicę św. Józefa pod wieżą i dalej w zakrystię. W podziemiach znajdują się krypty, które oo. dominikanie udostępniają do zwiedzania w czasie Jarmarku Dominikańskiego. W tym okresie odbywają się również prezentacje znakomitych organów, koncerty organowe, jest też oprowadzanie po zakamarkach kościoła. W chwili obecnej nawa południowa pozostaje zamknięta – prowadzone są tam prace naprawcze konstrukcji.