Parafia powstała na przełomie XIII i XIV wieku. Kościół wybudowali cystersi. Ich ówczesny ośrodek w Oliwie rozwijał się coraz dynamiczniej. Zakładano więc nowe wsie, budowano drogi, mosty oraz kościoły. W średniowieczu oliwscy cystersi zarządzali już kilkudziesięcioma miejscowościami, w tym Chojnem Wielkim, znajdującym się w sąsiedztwie obecnej Matarni, które w 1283 r. książę Mściwój II przekazał klasztorowi. Oprócz budynków gospodarskich we wsi wzniesiono również niewielki kościół, w którym wierni gromadzili się aż do czasu jego zniszczenia.