Pierwotnie patronami kościoła były Trójca Święta i Maryja Panna. Główny ołtarz zawierał Ich wyobrażenia, a boczne – dedykowane Maryi Pannie i św. Franciszkowi – ufundowane zostały ok. 1515 roku. Ołtarze, przypisywane warsztatowi Mistrza Michała z Augsburga, dziś to kompilacje dawnych dzieł. Zachowały się dwie monumentalne szafy z bogatą ikonografią – świętymi, aniołami i fundatorami. W trakcie prac restauracyjnych w XX w. błędnie zmontowano predelle i skrzydła, jednak część elementów, jak scena stygmatyzacji św. Franciszka, przetrwała.